因應新冠肺炎疫情，為提升公共環境衛生安全及降低病毒傳播，行政院環境保護署訂定「COVID-19(武漢肺炎)社區防疫公共環境消毒指引」及「營業場所自主環境消毒參考指引」，提供地方環保機關、公共設施管理單位及營業場所等執行公共環境消毒參考，同時呼籲管理單位主動加強消毒場所內、外部環境，用市售5%漂白水以1：50稀釋或1000ppm次氯酸鈉，以拖把或抹布進行地面及桌椅等環境表面擦拭，留置時間建議1至2分鐘，再以濕拖把或抹布擦拭乾淨，建議消毒頻率每天至少1次。
嘉義市政府為了守護市民健康，市府團隊不僅在除夕當日(1月24日)即成立疫情應變指揮中心，整合各項防疫機制，嚴密監控疫情。嘉義市政府環境保護局亦是嚴正以待，新冠肺炎防疫消毒大隊成立至今已出動消毒車輛及清潔隊員，至轄內各個交通場站、百貨、影城、觀光景點、夜市、機關、學校、公園及其他人潮聚集場所等共844處次，大規模執行環境清潔消毒工作，除可避免連假觀光人潮聚集造成疫情升溫，更守護嘉義市民的安心生活圈，落實防疫消毒，建構宜居城市。
嘉義市政府環境保護局呼籲，百貨、賣場及餐廳等營業場所常有人群聚集，為避免疫情散播，請各營業場所管理單位務必依照指引進行消毒，民眾經常接觸到之手扶梯、按鈕、用餐桌椅以及廁所門把、水龍頭、馬桶蓋、沖水握把、地面等皆為重點消毒設備，應每日至少消毒1次，廁所應加強巡檢，避免垃圾桶溢滿，如顧客人數眾多時則應提高消毒頻率。
營業場所管理者應紀錄消毒時間及人員，並主動於場所入口處張貼「本場所已依行政院環保署『營業場所自主環境消毒參考指引』完成消毒」告示，讓消費顧客更安心。該告示可至環保署嚴重特殊傳染性肺炎專區(https://www.epa.gov.tw/2019-ncov/ADBEABF3F11DA389)下載使用。